К ТЕОРИИ ФРАГМЕНТАЦИИ БИОМОЛЕКУЛ: ФРАГМЕНТАЦИЯ ДИПЕПТИДА АЛАНИНА ВДОЛЬ ПОЛИПЕПТИДНОЙ ЦЕПИ
Соловьев Ил.А., Якубович А.В., Соловьев А.В., Грайнер В.

Поступила в редакцию: 16 Января 2006

PACS: 31.15.Ar, 82.20.Kh, 87.15.He, 82.37.Np

DJVU (318.3K)

PDF (1216.5K)

Впервые проведено исследование потенциала взаимодействия между аминокислотами в дипептиде аланина с учетом точной геометрии молекулы. Расчет выполнен из первых принципов в рамках теории функционала плотности с учетом всех электронов в системе. Кроме взаимодействия аланинов рассмотрен процесс фрагментации дипептида вдоль полипептидной цепи. Исследована зависимость энергии системы от расстояния между фрагментами для всех возможных каналов фрагментации дипептида. Анализ энергетических барьеров позволил оценить характерные времена фрагментации, а также установить степень применимости классической электродинамики для описания энергии системы.